Działalność Krakowskiego WOPR rozpoczęła się oficjalnie w roku 1963, kiedy Zarząd miejski WOPR działał jako komisja społeczna przy Krakowskim Komitecie Kultury Fizycznej i Turystyki. W 1969 roku odbył się pierwszy Krakowski Sejmik WOPR, na zebranie przybyli delegaci, którzy reprezentowali siedem drużyn. Składały się one z członków sekcji sportowych krakowskich klubów, takich jak: Yacht Klub LOK, AZS Kraków, KKW-29, Ognisko Krakus, TKKF, Budowlani Nowa Huta, sekcja płetwonurków LOK i Nadwiślan Kraków.


Dynamiczny rozwój działalności, która w krótkim czasie objęła między innymi wyłączność na prowadzenie szkoleń ratowników wodnych w Krakowie i okolicy zmusiła stowarzyszenie do określenia zasad swojego funkcjonowania a także uregulowania wymogów prawnych. Przez to 4 kwietnia 1971 roku podczas zebrania informacyjnego ustalono konieczność uregulowania sprawy osobowości prawnej jednostki oraz jej statutu. Złożono wniosek o rejestrację, został przyjęty z dniem 11 maja 1971 roku – nowopowstała organizacja przyjęła funkcjonującą do dziś nazwę: Krakowskie Wodne Ochotnicze Pogotowie Ratunkowe. Liczyła wtedy 790 członków.
Krakowskie WOPR posiada administracyjną zgodę Ministra Spraw Wewnętrznych i Administracji jako podmiot uprawniony do ratownictwa wodnego zgodnie z Ustawy o bezpieczeństwie osób przebywających na obszarach wodnych (decyzją nr 11/2014 z dnia 27 luty 2014 r).
W związku z powyższym zgodnie z Ustawą o bezpieczeństwie osób przebywających na obszarach wodnych jest uprawnione do:
1) organizowania, kierowania, koordynowania i bezpośredniego prowadzenia działań ratowniczych w ramach ratownictwa wodnego;
2) prowadzenia działalności profilaktycznej i edukacyjnej dotyczącej bezpieczeństwa na obszarach wodnych;
3) prowadzenia dokumentacji działań ratowniczych, w tym rejestru działań ratowniczych;
4) ujawniania zagrożenia w zakresie bezpieczeństwa osób przebywających na obszarach wodnych;
5) przekazywania informacji o zagrożeniach, o których mowa w pkt 4 właściwej radzie gminy.